Punktmutationen und kleine Deletionen oder Insertionen in der kodierenden Sequenz (Exone) und den angrenzenden Bereichen (Introne) werden mittels direkter Sequenzierung bildlich dargestellt. In unserem Labor beträgt die Sensitivität mindestens 95%. Nachgewiesene Mutationen werden grundsätzlich durch Untersuchung einer zweiten unabhängigen DNA-Präparation der eingesandten Blutprobe oder einer neuen DNA-Verdünnung der eingesandten DNA, möglichst unter Verwendung einer zweiten Untersuchungsmethode (z.B. Restriktionsverdau), bestätigt.

Zum Auffinden veränderter Bereiche wird bei sehr großen Genen die Methode der DHPLC (denaturierende Hochdruck-Flüssigkeits-Chromatographie) eingesetzt. Da mit dieser Methode nicht zwischen häufigen, meist unbedeutenden Polymorphismen und pathogenen Mutationen unterschieden werden kann, werden auffällige Befund mittels direkter Sequenzierung nachuntersucht.

Die Gene, bei denen große, Exon-umfassende Deletionen beschrieben sind, werden zusätzlich mittels MLPA (Multi-ligation probe assay) untersucht. Die Methode beruht auf einer semiquantitativen Mulitplex-PCR.

Die Erkrankungen, bei denen zahlreiche Gene oder einzelne sehr große Gene als krankheitsverursachend bekannt sind, werden mit einem DNA-Microarray auf die häufigsten bekannten Mutationen voruntersucht. Die auffälligen Befunde werden zur Bestätigung nachsequenziert.

Wenn die direkte Untersuchung eines Genes nicht möglich ist oder mehrere Gene in Frage kommen, so kann mit Hilfe einer Kopplungsanalyse das Allel identifiziert werden, welches mit dem Phänotyp assoziiert ist. Voraussetzung hierfür ist meist die simultane Untersuchung mehrerer – auch nicht betroffener – Familienmitglieder. Eingesetzt wird die Kopplungsanalyse in der klinischen Diagnostik insbesondere für consanguine Familien oder Familien mit mehreren betroffenen Angehörigen.